#!/usr/bin/perl -s

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#use strict;
use lib "$ENV{'CGAT_HOME'}/perllib";
use File::Basename;
use File::Path;

use GenomeHomSearch::Ssaha2;
use CGAT_build;
require "CGAT_Conf.pl";
require "libGetOpt.pl";
require "libLogfile.pl";

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# Options
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%options = (
	progopt => "",
	ReadBlastOpt => '',
	progopt => '-kmer 13 -seeds 50 -score 100 -array 40 -memory 1200 ',
	QueryLen => 200000,
	QueryOverlap => 2000,
	QueryNum => 1,
);

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if (scalar(@ARGV) < 2) {
	die "Usage: $0 SPEC1 SPEC2\n";
}
$build_proc = CGAT_buildAlign->new('Ssaha2', \@ARGV, \%options);
exit ($build_proc->test) if ($test);
$build_proc->execute;
exit;

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1;#
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