#!/usr/bin/perl -s

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use lib "$ENV{'CGAT_HOME'}/perllib";
use lib "$ENV{'CGAT_HOME'}/commands";
use File::Basename;
use File::Path;
use FileHandle;
require "CGAT_Conf.pl";
use CGAT_build;
require 'SimpleRep.pl';

$| = 1;
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package build_SimpleRep;
use base CGAT_buildAnnot;
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sub execute_main {
	my($this, @args) = @_;
	$SimpleRepOpt = {
		minoutrep => 1,
		cutoff => 8,
		maxrep => 100,
		matchscore => 1,
		cutrep => 4,
		cutratio => 1,
		mismatchscore => -3,
	};
	GenomeFeatureCommand::SimpleRep->execute($this->{sp}, $SimpleRepOpt);
}

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if ($0 eq __FILE__) {
    	$cgat_build = build_SimpleRep->new(\@ARGV);
        $cgat_build->execute;
        exit;
}

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1;#
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