History of MyMBGD/Import_Genome_Data (No. 2)

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  • 1 (2021-10-27 (Wed) 10:44:46)
  • 2 (2021-10-27 (Wed) 10:58:48)
  • 3 (2021-10-27 (Wed) 14:17:45)
  • 4 (2022-06-02 (Thu) 11:54:04)
  • 5 (2022-06-27 (Mon) 23:22:06)
  • 6 (2022-08-24 (Wed) 02:55:07)
  • 7 (2022-09-05 (Mon) 14:03:40)

MyMBGD

Data Type: Incomplete genome + GeneTab,ProteinSeq†

GeneTab format†

• ヘッダー条件
  
  • #で始まる
  • 項目ごとにカンマ(,)、もしくは、半角スペースで区切られていること
  • 受け入れ可能項目(*必須項目)
    • id/locus_id *
    • name
    • from *
    • to *
    • dir *　　データ：1/-1/F/R/DIR/INV
    • type
    • descr
    • chrid/chr_acc

• データ条件
  
  • データの区切り文字はタブとする
  • 必須項目は下記
    • id/locus_id *
    • from *
    • to *
    • dir *
  • ヘッダーを付けない場合は下記の順番とする
    
    • 7カラムの場合
      id, name, from, to, dir, type, desc
    • 6カラムの場合
      id, name, from, to, dir, desc
  • chridがあればchromosome情報があるとみなす
  • idのデータは重複してはならない
  • アミノ酸配列しかない場合は、from=-1, to=-1を指定する
  • idとgeneのfastaファイルのidは対応したものを記載する
  • chridとchromosomeのfastaファイルのidは対応したものを記載する